A piedi, scendendo per circa 150 metri dal Santuario, si arriva alla Grotta della Penitenza di Sant'Umile, piccola grotta dove il Santo passava molte ore della giornate "pregando e mortificandosi e dove santificò l'acqua che da essa sgorga "piantando nel mezzo dell'acqua una piccola croce”,  rimasta tuttora incorrotta.
Per quanto riguarda la storia della grotta, sappiamo che un giorno, il guardiano del Convento affidò al Sant’Umile la cura del giardino conventuale, comandandogli di rimuovere un grosso roveto pieno di spine.
Frate Umile eseguì il compito affidatogli dal Superiore e, improvvisamente, dopo aver rimosso i rovi e  le erbacce, scoprì un’antica grotta, la quale venne scelta dal frate come luogo prediletto per le sue preghiere e le sue penitenze, poiché molto solitaria e silenziosa.
In fondo alla grotta si rinviene una vena di limpida acqua che, col trascorrere del tempo si scoprì  essere prodigiosa. Infatti, i fedeli bisognosi di grazie tuttora vanno ad attingerne l’acqua che ne sgorga, se ne segnano, la porgono ai malati, la bevono, la portano agli infermi, invocando l’intercessione di Sant’Umile, il quale si è servito molto spesso di questo mezzo per concedere innumerevoli grazie.

La grotta è sempre aperta ai pellegrini e la visita è gratuita.